El Manganeso no está presente en las aguas naturales pero se halla en varias sales y minerales, amenudo asociados con los compuestos de Hierro. Las sales de Manganeso se usan como aditivos fertilizantes, en aleaciones ferrosas (fabricación de acero), en aleaciones no ferrosas ya que mejora su resistencia a la corrosión y su dureza. Se ha limitado el Manganeso, al igual que el hierro, en el agua potable ya que causa tenaces manchas en la colada y porque produce sabores no deseados en las bebidas. El objetivo estético respecto a color para el Manganeso en el agua potable es de 0,05 mg/l. El Manganeso se encuentra normalmente en las aguas residuales domésticas, emisiones industriales y receptores de vapor, al producirse procesos de desintegración anaeróbica en los sedimentos.